چنانچه واريانس اثر متقابل GEI معني دار باشد روش هاي محتلف جهت اندازه گيري اثرات متقابل و پايداري ژنوتيپ‌ها تا رسيدن به ژنوتيپ يا ژنوتيپ هاي پايدار قابل استفاده مي باشد. طيف گسترده اي از روش ها جهت آناليز در دسترس هستند و به طور كلي مي توانند در چهار گروه دسته بندي شوند:
روش تجزيه واريانس، تجزيه پايداري، روش هاي چند متغيره و روش هاي كيفي.
فرض آزمايش در تجزيه واريانس اندازه گيري عملكرد ژنوتيپ در محيط با R تكرار بوده و مدل كلاسيك تجزيه تنوع عملكرد كلي در مشاهدات GER تجزيه واريانس مي باشد. ميانگين مربع باقيمانده درون محيطي، خطا در تخمين ميانگين ژنوتيپ به واسطه تفاوت در حاصلخيزي خاك و ساير عوامل از قبيل سايه اندازي و رقابت از يك كرت به كرت ديگر را اندازه گيري مي كند.
در كل اين روش در آزمايشات چند مكاني داراي اهميت مي باشد زيرا اشتباهات در محاسبه عملكرد عمدتاً از اثرات متقابل حاصل مي شود، بنابراين آگاهي از مقدار اين اثر جهت دستيابي به برآوردهاي مؤثر از اثرات ژنوتيپي و همچنين تعيين منابع مطلوب احساس مي شود. تجزيه پايداري خلاصه اي كلي از الگوي پاسخ ژنوتيپ ها به تغيير محيطي فراهم مي كند.
فري من نوع اصلي تجزيه پايداري را تجزيه مستقل رگرسيون يا رگرسيون خطي ناميد و شامل رگرسيون ميانگين ژنوتيپي بر شاخص محيطي است و ابزاري براي آزمايش ژنوتيپ هايي كه واكنشي خطي مشخص به تغييرات محيط دارند فراهم مي آورد. روش رگرسيون بيشترين سودمندي را براي ژنتيك دانان فراهم آورده است. روش تجزيه رگرسيون در ابتدا توسط یتس و كوكران جهت تعيين رابطه بين ژنوتيپ ها و محيط هاي مختلف استفاده شد. در اين روش اثر متقابل ژنوتيپ در محیط به دو جزء شيب خط رگرسيون و انحراف از خط رگرسيون تجزيه مي شود. سپس به صورت گسترده اي توسط محققان ديگر مورد بازبيني قرار گرفت.
